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博士畢業(yè)僅用2年半!他最新取得一項里程碑式突破

3個月前 來源:科學網(wǎng)微信公眾號 觀看:35

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初見葉文秀,他一身西裝,整齊潔白的襯衫領上方,是一張笑盈盈的年輕臉龐。
他很健談,即使是研究過程中棘手的問題,也會風趣幽默地講述。
人長得溫文爾雅,名字也溫柔秀氣。但葉文秀骨子里“十分要強”,并不是隨意妥協(xié)的人。也許正因為這樣的性格,才能讓他在與一群植物學家和生物信息學家的“戰(zhàn)場”上,“平定戰(zhàn)火,冷靜指揮”。
近日,濰坊現(xiàn)代農(nóng)業(yè)山東省實驗室、北京大學現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院研究員葉文秀和郭立團隊聯(lián)手,在國際科技期刊《自然-遺傳學》(Nature Genetics)發(fā)表研究成果,成功繪制出涵蓋葡萄屬三大地理種群的單倍型超級泛基因組圖譜。這是中國在葡萄研究領域里取得的里程碑式重大突破。

葉文秀曾在日本留學8年。他說:“在日本的留學以及科研工作經(jīng)歷對自己人生的影響非常大?!?span style="display:none">pcL即熱新聞——關注每天科技社會生活新變化gihot.com

葉文秀


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其實,葉文秀最初的研究方向,和葡萄幾乎不沾邊。
他本科就讀于大連工業(yè)大學食品學院,在朱蓓薇 院士團隊中做研究助理,研究海珍品精深加工。
在朱蓓薇院士團隊學習期間,葉文秀多次與日本岡山大學教授村田芳行交流,學習其有關植物生理方面的課程。他了解到當植物感受到外界刺激(如受傷或光照變化)時,細胞膜上的離子通道會打開或關閉,帶電粒子進出細胞,產(chǎn)生電信號。
植物雖然沒有神經(jīng)系統(tǒng),卻通過類似“信息傳遞員”的電信號傳遞信息。這讓葉文秀產(chǎn)生濃厚興趣,覺得會是一個很有意思的方向。
本科畢業(yè)時,相比繼續(xù)鉆研加工領域,葉文秀更傾向于做有關植物生理方面的基礎研究。
朱蓓薇院士早年曾留學日本,非常支持有想法的年輕人,并積極為葉文秀推薦導師。于是,葉文秀拜入村田芳行門下,開啟研究生階段。
在日本時,憑借著不錯的英語水平,葉文秀無論是閱讀專業(yè)的英文文獻還是與科學家們交流,都比較順暢。
然而,導師給他下了一道死命令:畢業(yè)答辯必須用日語,自己看著辦!
能怎么辦?葉文秀明白:想融入本土文化,得先過語言關。既然有需求,就只能學了。
村田教授很有個性,他給自己的學生開了一個晨間seminar。每天早上七點鐘,教學生學英語。英語還不錯的葉文秀期期不落。
對日本人來說,是學習如何將日語翻譯成英語。對葉文秀來說,同時學習兩門語言,一箭雙雕。雖苦,但何樂而不為呢?
這個晨間seminar,他一直堅持參加,直到博士畢業(yè)。
從2011年來到岡山大學,他就開始接受系統(tǒng)的科研訓練。第二年,葉文秀就有幾篇作為參與作者發(fā)表的文章。第三年,他在權(quán)威期刊上發(fā)表了自己作為第一作者的文章,隨后跟著導師滿世界進行學術(shù)交流。2013年,他繼續(xù)留在村田實驗室攻讀博士學位,不久獲得了日本學術(shù)振興會特別研究員的榮譽。
有了前期的研究基礎,只用了兩年半時間,他就取得了博士學位,是岡山大學為數(shù)不多提前畢業(yè)的博士生。
2016年,他申請到了英國塞恩斯伯里實驗室的博士后。
在英國短暫待了一年后,因家庭和課題方向的原因,他再次回到日本,在名古屋大學做博士后。他還在2017年成為了日本學術(shù)振興會外籍特別研究員。
在外留學8年后,2019年,葉文秀做了一個重要的決定——帶著自己的研究積累回國。

200%精力pcL即熱新聞——關注每天科技社會生活新變化gihot.com

俗話說,種葡萄一畝脫貧、兩畝致富。
葡萄在農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)中地位特殊,僅葡萄酒的市場規(guī)模其他水果就無法相比。作為重要經(jīng)濟作物,葡萄在全球范圍內(nèi)都非常“受寵”。

在此前對植物氣孔的研究中,葡萄一直是葉文秀的研究對象之一?;貒?,他對葡萄領域的研究越發(fā)感興趣。pcL即熱新聞——關注每天科技社會生活新變化gihot.com

葉文秀在葡萄園采樣

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幸運的是,2022年,他收到了美國國家 科學院院士、北京大學現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院 院長鄧興旺拋來的橄欖枝,邀他加入研究院,并牽頭成立濰坊市葡萄種質(zhì)創(chuàng)新與利用重點實驗室。
研究之初,基因組學的發(fā)展到了泛基因組的重要轉(zhuǎn)變關口。
因此,從研發(fā)之初,整個實驗室就將其定性為一項攻關工作。
“我們用200%的精力,投入實驗室所有資源搶時間。”葉文秀介紹道。
他們要做的,是將葡萄的三大地理類群——歐亞種群、北美種群和東亞種群的泛基因組構(gòu)建完成。這是了解葡萄遺傳多樣性、開展功能基因組學研究、識別隱性遺傳特性以及葡萄精準改良的關鍵資源。
葉文秀將其比喻為“一群植物學家和一幫生物信息學家的故事。生物信息學家是心臟,提供血液;植物學家是大腦,提供方向?!?
整個研究過程,可以分為上下兩個半場。
上半場戰(zhàn)斗的難點在于取樣鑒定。
想要研究葡萄的霜霉病,得先研究明白葡萄的氣孔。氣孔是懂“養(yǎng)生”的,它會有節(jié)律地運動,早上會醒來、晚上會睡覺,冬夏不一樣,晴天陰天也不一樣。
因此,為了能采集完整樣本,團隊多次到中國農(nóng)業(yè)科學院鄭州果樹研究所采樣。因為這里有珍貴的葡萄種質(zhì)資源。
為了完成時間梯度實驗,團隊進行了精密的實驗設計,三班倒、無間斷觀察。
盛夏頂著大太陽觀察葉片、半夜頂著困意收集樣本的滋味,并不好受。
下半場,從戶外轉(zhuǎn)戰(zhàn)滿是儀器和計算機的室內(nèi)。主角是郭立研究員負責的數(shù)據(jù)分析團隊。
在如何分析組建出來的單倍型基因組的功能與作用問題上,團隊內(nèi)部曾發(fā)生不少分歧。
比如,在構(gòu)建單倍型系統(tǒng)發(fā)育進化樹的時候,發(fā)現(xiàn)多個葡萄樣本的種群歸屬的結(jié)果與二倍體系統(tǒng)發(fā)育進化樹的結(jié)果不一致。哪種更合理?
植物學家們認為是分析技術(shù)上的問題,技術(shù)還需要改進;生物信息學家們則認為需要從葡萄雜交史解釋。
于是,葡萄“江湖”的兩派人馬坐在一個房間里,激烈地“切磋”著,卻一直無法達成一致。每個人都神情專注,堅守自己的“陣地”。最后,這場“唇槍舌劍”由團隊負責人葉文秀和郭立“華山論劍”、拍板決定,兩君子握手言和。
濰坊葡萄種質(zhì)創(chuàng)新與利用重點實驗室團建

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沖刺pcL即熱新聞——關注每天科技社會生活新變化gihot.com

然而,世事無常。
即使投入200%的精力,不舍晝夜和時間賽跑了一年多后,他們還是落后了一步。
2023年初,在采集數(shù)據(jù)的過程中,他們得知一個美國的團隊已將關于北美葡萄的相關文章發(fā)了出來。這意味著,即使他們的研究完成了,也沒有絕對的創(chuàng)新性效果。要知道,想要沖擊正刊,即使是對創(chuàng)新度的一丁點損害也是致命打擊。
他們果斷做出決定——拿現(xiàn)有的成果投稿!
2023年10月,他們開始投稿。
在投稿過程中,他們還面臨骨干成員的流失問題,時常處于焦急甚至焦慮的狀態(tài)。就像是長跑結(jié)束前的最后百米沖刺階段,即使用盡全身力氣,步子仍然沉重。
為了讓文章盡快正式刊登,團隊曾考慮降低對發(fā)表期刊水平的要求。
這時候,鄧興旺院士給了他們強有力的支撐——“你們的工作質(zhì)量很高,會對該領域產(chǎn)生重大影響,在頂級期刊刊登有助于成果的推廣”。
他們決定,即使難以在正刊發(fā)表,工作也要繼續(xù)。
2024年下半年,Nature Genetics的編輯表示對他們的研究很感興趣,文章最終被接收!
2025年2月26日,文章順利刊登。
這份單倍型超級泛基因組圖譜,揭示了葡萄屬豐富遺傳多樣性和雜交歷史,促進了葡萄精準分子育種研究,開啟了葡萄種質(zhì)創(chuàng)新和利用新時代。
葉文秀坦言道:“服務產(chǎn)業(yè)發(fā)展并不是簡單的提供服務,更多的是從底盤改進。解決葡萄產(chǎn)業(yè)最嚴重的霜霉病問題,離不開對其機理的研究工作?!?
從海珍品加工到葡萄機理研究,倏忽15年過去?;叵氘敵踝约壕烤篂槭裁磿@樣選擇,葉文秀認為一是因為感興趣,二是為了產(chǎn)業(yè)發(fā)展做些工作。
在日本留學的8年間,導師雖然嚴格,但是給了學生足夠的自由。他們不看重結(jié)果,而是著重于培養(yǎng)學生的批判性和邏輯性思維能力。這也是葉文秀為自己的學生始終指引的方向。
文章發(fā)表后,他自己知道,對葡萄的研究,只是開始。
如果能通過現(xiàn)有的基礎研究,既解決葡萄抗病問題,又能釀出中國人愛喝的葡萄酒,將是實實在在地將論文寫在大地上。
“讓葡萄酒產(chǎn)業(yè)健康發(fā)展;讓老百姓多喝一點葡萄酒,享受美好生活?!碑敱粏柕接惺裁锤L遠的想法時,葉文秀笑著回答道。
*文中圖片均為受訪者提供

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