2月4日，西南華大生命科學(xué)研究院研究團隊成功開發(fā)出推斷細胞時空分化軌跡的新算法SpaTrack，該算法可整合細胞的轉(zhuǎn)錄組和空間信息，構(gòu)建細胞分化的動態(tài)軌跡，為揭示組織發(fā)育、器官再生和疾病進展的動態(tài)研究提供重要支撐。相關(guān)研究成果發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊《細胞系統(tǒng)》上。
據(jù)悉，該算法可實現(xiàn)從單細胞空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中，直接構(gòu)建精細的細胞分化軌跡、通過直接細胞映射，追蹤跨時間樣本的細胞分化軌跡、通過建模預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子在分化過程中對基因表達的調(diào)控關(guān)系，捕捉發(fā)育的驅(qū)動因素。
研究團隊將SpaTrack應(yīng)用于多個生物系統(tǒng)的研究中，結(jié)果表明，SpaTrack在重建細胞分化軌跡、揭示相關(guān)分化事件等方面表現(xiàn)出色，并幫助研究取得新發(fā)現(xiàn)。
舉例而言，研究團隊通過重構(gòu)蠑螈端腦的受損再生過程，揭示蠑螈腦在損傷區(qū)域和正常區(qū)域不同的分化軌跡；在解析小鼠胚胎的中腦發(fā)育過程中，研究團隊觀察到多個關(guān)鍵前體細胞在多時間點樣本中的分化過程和空間協(xié)調(diào)特征；在腫瘤的生長和轉(zhuǎn)移過程的研究中，SpaTrack幫助研究團隊發(fā)現(xiàn)腫瘤的生長擴增表現(xiàn)出空間異質(zhì)性，其中一條以上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化為特征的分化路徑，其腫瘤細胞發(fā)生了轉(zhuǎn)移，在淋巴結(jié)區(qū)域形成了轉(zhuǎn)移位的腫瘤。
西南華大生命科學(xué)研究院副研究員秦鵬飛表示，本次開發(fā)的新算法借助空間轉(zhuǎn)錄組信息，在解析組織發(fā)育和疾病進展的時空動態(tài)上取得初步成效。接下來團隊將進一步實現(xiàn)時空多組學(xué)的融合，解析多源分化、復(fù)雜分化等復(fù)雜問題。
另悉，目前研究團隊已在GitHub上提供SpaTrack的開源軟件和使用教程，并在華大時空云平臺STOmics Cloud上開放使用。
本文鏈接：http://m.enbeike.cn/news-8-1070-0.html新算法為組織發(fā)育和疾病研究提供支撐
聲明：本網(wǎng)頁內(nèi)容由互聯(lián)網(wǎng)博主自發(fā)貢獻，不代表本站觀點，本站不承擔(dān)任何法律責(zé)任。天上不會到餡餅，請大家謹防詐騙！若有侵權(quán)等問題請及時與本網(wǎng)聯(lián)系，我們將在第一時間刪除處理。
上一篇：山東商業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院云計算技術(shù)與應(yīng)用產(chǎn)業(yè)學(xué)院RPA團隊在大賽中榮獲一等獎兩項、二等獎兩項
點擊右上角
微信好友
朋友圈
點擊瀏覽器下方“
”分享微信好友Safari瀏覽器請點擊“
”按鈕
點擊右上角
QQ
點擊瀏覽器下方“”分享QQ好友Safari瀏覽器請點擊“”按鈕
